Beheer en exploitatie van het landgoed
Vanaf de oprichting in 1501 wordt het landgoed beheerd door de begunstigde, die aanvankelijk op de grond zelf in een huis van de Vicarie woont en de landgoederen bewerkt of laat bewerken.
In de 16e eeuw was door de bijna permanente oorlogstoestand de inning van pachten uit de landgoederen van de vicarie Sancti Nicolai tot een moeizame en bijzonder frustrerende aangelegenheid geworden.
Staten van Gelre
In 1599 wordt door de Staten van het Kwartier Zutphen het beheer van de vicarie-goederen opgedragen aan de Gedeputeerde Staten.
De wijziging in het beheer wordt door de Staten van Gelre als machtsmiddel afgedwongen om zeker te stellen dat de overheid daadwerkelijk kan beschikken over 1/3 deel van de jaarlijkse inkomsten.
Het rekest van heer Herman van Basten aan de Gedeputeerden van het Kwartier van Zutphen in 1601 waarin hij bezwaar aantekende tegen deze inbreuk op zijn rechtspositie, haalde niets uit.
Het Doetinchemse Rentambt voert voor de Stichting, vanaf 1616 tot en met 1805, het beheer over haar landgoederen .
Ontvangst van de pacht op Sint Maarten
Omstreeks 1630 was het in het Kwartier van Zutphen regel geworden dat de geestelijke goederen op verschillende plaatsen in het openbaar werden verpacht voor een periode van zes jaar. In Bredevoort vond ieder jaar (meestal in juli) een publieke verpachting plaats van de boerderijen, weilanden, bouwlanden, renten en garfpachten waarvan het pachtcontract was verlopen
De nieuwe pacht ging dan op de eerstkomende Martini (11 november) voor een nieuwe periode van zes jaar in. Soms werd het inkomen van een vicarie in zijn geheel verpacht, in andere gevallen vond de verpachting in afzonderlijke percelen plaats.
Dienst der Domeinen
Het beheer over de vicariegoederen kwam vanaf 1808 te liggen bij Dienst der Domeinen te Arnhem van het Ministerie van Financiën.

De gewoonte om in het openbaar goederen van de Vicarie voor een periode van zes jaar te verpachten heeft zeer lang bestaan. Hierbij een voorbeeld van een openbare verpachting in 1881. (Archiefcollectie Vicarie Sancti Nicolai)

interesant is de wijze waarop dat gebeurde: 'Aan den aflezer van publicaties aan de Roomsch Catholike kerk te Lichtenvoorde' . Kennelijk werden medelingen als deze in de kerk afgekondigd of bekend gemaakt. (Archiefcollectie Vicarie Sancti Nicolai)
Sind 1974 beheer weer in eigen hand
Op basis van de wet uit 1974 wordt op 31 augustus 1989 (zie het Koninklijk Besluit in de rechterkolom) het beheer over het landgoed van de Stichting, na ca. 390 jaar, weer overgedragen aan het bestuur van de Stichting. Hierdoor kwam een eind aan de situatie dat er een rijksambtenaar zat op de stoel van de penningmeester. Vanaf deze tijd is de secretaris tevens beheerder van het landgoed.
Of in juridische taal: preventief toezicht werd uiteindelijk ook bij deze rechtspersonen vervangen door repressief toezicht).
Het dagelijkse beheer wordt nu namens de stichting in de praktijk uitgevoerd door een rentmeester.

De bijna permanente oorlogstoestand maakt in de 16e eeuw de inning van pachten uit de landgoederen onmogelijk.
Overdracht van het beheer over het vermogen van de vicarie Sancti Nicolai aan de ‘Stichting Vicarie Sancti Nicolai van 27 october 1501', 31 augustus 1989.
31 augustus 1989/DOM 89/4606
1060/88
Directie der Domeinen/afdeling Inspecties en Rentambten
De staatssecretaris van Financiën, Gelet op het bepaalde in artikel 4, eerste lid, onder b., en vierde lid, en artikel 6 van de Wet van 30 oktober 1974 (Stb. 1974, 700);
Besluit:
Het beheer over het vermogen van de Vicarie Sancti Nicolai te Winterswijk per 1 september 1989 over te dragen aan de stichting, ‘Stichting Vicarie Sancti Nicolai van 27 oktober 1501', gevestigd te Winterswijk, onder beëindiging van de deelgerechtigheid van de Staat der Nederlanden in de vruchten van dit vermogen, een en ander tegen betaling door voornoemde stichting aan de Staat van een bedrag ter grootte van één derde van de waarde van de tot het vermogen behorende zaken in welker vruchten de Staat deelgerechtigd is.
Deze beschikking zal worden geplaatst in de Nederlandse Staatscourant.
's-Gravenhage, 31 augustus 1989. De staatssecretaris van Financiën, Namens deze, De directeur der domeinen, Blokzijl.
Staatscourant.